연금저축 잔액, 공제받은 돈·안 받은 돈·수익 세 칸으로 나눠 세는 법

연금저축 잔액 가운데 꺼낼 때 세금이 붙는 돈은 정확히 얼마일까. 앱 첫 화면의 평가금액 한 줄로는 답이 안 나온다. 그 안에는 세액공제를 받고 넣은 돈, 공제 없이 넣은 돈, 그동안 불어난 운용수익이 한데 섞여 있다.
세 돈은 세금 계산에서 각각 다른 대접을 받는다. 그래서 잔액을 세 칸으로 다시 나눠 적어 두면, 연금으로 받을 때와 중간에 꺼낼 때의 세금 차이를 내 숫자로 직접 계산할 수 있다.
잔액을 나눌 세 칸
첫째 칸은 공제받은 납입금이다. 연말정산이나 종합소득세 신고에서 실제로 세액공제가 적용된 금액을 말한다. 소득세법 제59조의3에 따라 연금저축은 연 600만원까지, IRP 같은 퇴직연금을 합치면 연 900만원까지가 공제 대상이다(2026-01-01 시행 조문 기준).
둘째 칸은 공제받지 않은 납입금이다. 한도를 넘겨 넣은 돈, 그리고 한도 안이었지만 낼 세금이 적어 공제가 다 적용되지 않은 몫이 여기로 간다. 셋째 칸은 운용수익, 계좌 안의 펀드나 ETF가 벌어들인 몫이다.
세법은 둘째 칸을 따로 셈한다. 공제받지 않은 원금은 공제받은 돈과 구분해, 연금으로 받을 때 소득으로 과세하지 않는 쪽으로 분류한다. 넣을 때 혜택이 없었으니 꺼낼 때도 다시 매기지 않는 구조다. 첫째 칸과 셋째 칸은 반대로, 꺼내는 방식에 따라 세율이 몇 배씩 벌어진다.
퇴직금을 옮겨 담은 돈은 성격이 또 달라 이 글의 계산에서는 뺐다. 퇴직금이 들어간 계좌라면 그 금액부터 따로 떼어 놓고 시작해야 칸이 섞이지 않는다.

1단계: 해마다 넣은 돈과 공제받은 돈을 나란히 적기
연도별 표 한 장으로 시작한다. 왼쪽에 그해 연금저축 납입액, 오른쪽에 그해 실제로 공제 대상으로 반영된 금액을 적는다. 식은 한 줄이다. 그해 미공제분 = 그해 납입액 − 그해 공제 반영 금액.
납입액은 금융사 앱의 거래내역이나 납입 증명에서 가져온다. 공제 반영 금액은 근로소득 원천징수영수증의 연금계좌 세액공제 칸에 있고, 종합소득세를 신고했다면 신고서의 같은 항목을 본다. 계좌가 여러 금융사에 흩어져 있으면 금융감독원 통합연금포털에서 목록부터 모아 두는 게 빠뜨리지 않는 방법이다.
흔한 실수는 "600만원 넘은 만큼만 미공제"로 끝내는 것이다. IRP에도 넣었다면 900만원 합산 한도가 같이 걸린다. 연금저축 400만원에 IRP 600만원을 넣었다면 합계 1,000만원 중 100만원이 한도를 넘는다. 그 넘친 몫이 어느 계좌 쪽으로 잡혔는지는 영수증 칸과 금융사 기록을 함께 봐야 알 수 있다.
2단계: 공제율로 '그때 돌려받은 돈'을 다시 계산하기
공제받은 금액에는 그해의 공제율이 따라붙는다. 종합소득금액 4,500만원 이하(근로소득만 있으면 총급여 5,500만원 이하)는 15%, 그 위는 12%다. 금융감독원 안내표처럼 지방소득세까지 넣으면 16.5%와 13.2%가 된다(2026-01-01 기준).
600만원을 채웠다면 단순 계산으로 총급여 5,500만원 이하는 99만원, 초과는 79만2천원이다. 해마다 이 금액을 표 맨 오른쪽에 적어 두면, 나중에 중간 인출을 고민할 때 "그동안 얼마를 돌려받았나"를 바로 꺼내 볼 수 있다.

여기서 둘째 칸이 의외로 커지는 경우가 있다. 세액공제는 낼 세금에서 빼 주는 방식이라, 결정세액보다 공제할 금액이 크면 남는 몫은 돌려받지 못한다. 연봉이 낮았던 해, 육아휴직으로 근로소득이 줄어든 해, 소득이 아예 없던 해의 납입액은 한도 안이었어도 둘째 칸에 쌓였을 가능성이 높다.
이때 정확히 얼마가 '공제받지 않은 납입액'으로 잡혔는지는 추정하지 말고 영수증과 금융사 기록으로 확인한다. 머릿속 계산과 기록이 다르면, 꺼낼 때는 기록 쪽이 기준이 된다.

3단계: 가상 계좌로 세 칸 채워 보기
계산 연습용 가상 숫자로 한 번 해 본다. 총급여 5,500만원을 넘는 직장인이 5년 동안 매년 연금저축에만 800만원을 넣었다. IRP는 없다고 가정한다.
납입 합계는 4,000만원. 해마다 600만원이 공제 한도에 들어갔으니 첫째 칸은 3,000만원, 넘친 200만원씩이 쌓인 둘째 칸은 1,000만원이다. 운용수익을 가상으로 600만원이라 두면 잔액은 4,600만원이 된다.

5년 동안 돌려받은 세금도 같이 적는다. 3,000만원 × 13.2% = 396만원(단순 계산). 이 숫자가 다음 단계의 비교 기준이다.
4단계: 꺼내는 방식별로 세율을 대입하기
세금이 붙는 쪽은 첫째 칸과 셋째 칸을 합친 3,600만원이다. 둘째 칸 1,000만원은 이 계산에 넣지 않는다.
연금으로 나눠 받으면 원천징수세율은 70세 미만 5%, 70세 이상 80세 미만 4%, 80세 이상 3%다. 지방소득세를 포함하면 5.5%, 4.4%, 3.3%(2026-10-28 국세청·금융감독원 안내 기준). 3,600만원 전체에 대입하면 단순 계산으로 각각 198만원, 158만4천원, 118만8천원이다.
연금 외로 꺼내면, 즉 중도 인출이나 해지라면 첫째 칸과 셋째 칸은 기타소득으로 15%, 지방소득세 포함 16.5%가 분리과세된다. 3,600만원이면 594만원이다. 의료 목적 같은 부득이한 사유의 연금 외 수령은 기타소득이 아니라 연금소득으로 과세한다.

숫자를 나란히 놓으면 구조가 보인다. 이 가상 계좌는 5년간 396만원을 돌려받았는데, 해지하면 594만원을 낸다. 받은 것보다 198만원이 더 나가는 셈이고, 그 차이의 상당 부분은 운용수익 600만원에 붙은 세금이다. 연금으로 받으면 70세 미만 기준 198만원이라 돌려받은 금액의 절반 수준에서 끝난다.
둘째 칸 1,000만원은 어느 쪽 계산에도 들어가지 않았다. 만약 이 칸을 모르고 잔액 4,600만원 전체에 16.5%를 곱해 "해지하면 759만원"이라고 셈했다면, 165만원을 과하게 잡은 것이다.
일부만 꺼낼 때와 연 1,500만원 선
전액 해지가 아니라 일부만 꺼내면 질문이 하나 더 생긴다. 세 칸 중 어느 칸에서 먼저 나간 것으로 보느냐다. 소득세법 시행령 제40조의3이 그 순서를 정해 두었지만, 이번 조사에서는 그 내용을 서로 다른 두 곳에서 대조하지 못해 여기 옮기지 않는다. 일부 인출을 생각한다면 그 순서가 내 계좌에서 어떻게 적용되는지 금융사에 먼저 확인하자.
공제받지 않은 금액을 어떻게 확인하고 기록하는지도 시행령이 따로 다룬다. 다만 그 절차의 세부와 금융사별 처리 방식은 1차 출처로 확인하지 못했다. 둘째 칸의 크기를 내 표로 계산했더라도, 금융사 시스템에 같은 숫자가 잡혀 있는지는 별도로 물어봐야 한다.
연금으로 받는 단계에도 선이 하나 있다. 사적연금 소득 합계가 연 1,500만원 이하이면 분리과세를 고를 수 있고, 넘으면 원칙적으로 종합과세다(2026-10-28 국세청·금융감독원 안내 기준). 2023년 말까지는 이 기준이 1,200만원이었으니, 옛 숫자로 적힌 설명은 걸러 읽는다.
연 1,500만원은 월로 나누면 125만원이다. 계좌 안에서 분배금이 나오는 상품을 굴려 그 분배금만큼 꺼내 쓴다고 가정하고, 가상 분배율 5%를 넣으면 필요한 원금은 단순 계산으로 3억원이다. 어느 칸에서 꺼낸 돈이 1,500만원 합계에 들어가는지는 국세청 안내에서 한 번 더 확인한다.
확인할 것
- 연도별 공제 반영 금액: 원천징수영수증(또는 종합소득세 신고서)의 연금계좌 칸. 납입액과의 차이가 둘째 칸이다.
- IRP 합산 여부: 연금저축 600만원 한도와 별개로 900만원 합산 한도가 걸렸는지.
- 금융사 기록: 내가 계산한 미공제 납입액과 금융사에 잡힌 금액이 같은지. 다르면 꺼내기 전에 맞춘다.
- 퇴직금 유입 여부: 퇴직금이 들어간 계좌라면 그 금액을 세 칸 계산에서 따로 뺐는지.
- 일부 인출 순서: 시행령상 인출 순서가 내 계좌에 어떻게 적용되는지 금융사 확인.

마치면서
이 계산에서 가장 손이 가는 칸은 둘째 칸이고, 가장 자주 비어 있는 칸도 둘째 칸이다. 다음 연말정산 영수증을 받으면 연금계좌 칸의 공제 반영 금액을 그해 납입액 옆에 적어 두자. 그 차이를 해마다 더한 합계가, 잔액 가운데 16.5%가 비켜 가는 돈의 크기다.
출처: 국가법령정보센터 소득세법 제59조의3(2026-01-01 시행)·시행령 제40조의3 · 국세청 연금계좌 세액공제 안내 · 국세청 연금소득 원천징수 · 금융감독원 연금저축 개요(2026-10-28 확인). 가상 계좌와 분배율 5%는 계산 연습용 가상 숫자이며 실제 상품 값이 아닙니다. 세금 계산은 단순 계산이며 세무 자문이 아닙니다. 이 글은 정보 제공용이며 투자 권유가 아닙니다.
공시·시세로 계산한 정보이며 투자 권유가 아니에요. 글 속 숫자 상자는 사이트 최신 데이터, 본문 숫자는 2026.10.28 기준이에요. 정정 요청은 소개 페이지의 연락처로 보내 주세요.
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